1. سيد محمد عباس موسوي جزائري
در دوران اقامت سيد مرتضى در هند، علاوه بر وابستگان او، مهم ترين استادش سيد محمد عباس موسوى جزائرى (6031 - 4221 ق) بود. زندگينامه تفصيلى وى را نوه اش، آيت الله سيد طيّب موسوى جزائرى (قدس سره) در مقدمه کتاب کشف الأسرار آورده است.
او از عجايب روزگار و از عالمانى بود که در زمينه هاى مختلف تخصص داشت. آثارش در ادبيات، فقه، اصول، حديث، منطق، حکمت، رجال و تفسير از تبحّر و تخصص او در اين رشته ها حکايت دارد. همچنين آثارى در مواعظ، الفاظ، تاريخ، ملل و نحل و غيراينها دارد. بيش از 210 اثر دارد. در علم طب هم ماهر بود و برخى بيمارانى را که ساير اطبّا و از جمله پزشکان اروپايى مقيم هند، از درمانشان ناتوان بودند، علاج مى کرد.
2. آيت الله ميرزاي شيرازي بزرگ
در دوران اقامت در سامرا، مهم ترين استاد سيد مرتضى، مرحوم آيت الله ميرزاى شيرازى بزرگ بود. اين عالم گرانقدر و فقيه و مجاهد عظيم الشأن، مرجع يگانه زمان خويش بود و درسش، کانون توجه عالمان و طلاب قرار داشت. فتواى تاريخى وى در تحريم تنباکو براى مبارزه با استعمار انگليس و اثر شگفت آن، مشهور است.
3. مشايخ سيد مرتضى در امر حديث:
يکى از افتخارات علماى دين اين بوده و هست که در زمره روايت کنندگان آثار و اخبار روايات اهل بيت (عليهم السلام) قرار گيرند. به همين دليل است که مي بينيم در طول تاريخ چه اهتمامى به امر روايات داشته اند. يکى از طرق ورود به سلسله راويان احاديث، کسب اجازه از راويان نسل قبلى است و به اين ترتيب در صورتى که آن راوى، فرد درخواست کننده اجازه را، صاحب صلاحيت «راوى شدن» بداند به او کتباً يا شفاهاً اجازه مى دهد که از طريق او و به واسطه او، روايات اهل بيت (عليهم السلام) را روايت کند. سيد مرتضى کشميرى نيز از بسيارى از علما و روات، اجازه نقل حديث داشته است.
تعداد شاگرداني که از سيد مرتضي کشميري (رحمة الله عليه) استفاده کرده اند، بسيار است و در زمره آنان بزرگاني همچون شيخ حسنعلي اصفهانى، سيد احمد موسوي جزائرى، سيد محمود مرعشي نجفى، سيد جمال الدين گلپايگاني و افرادي مانند آنان ديده مي شود.
