آثار علمى او بسيارند و ما از همه آنها آگاهى نداريم، چرا که همواره سعى در کتمان و اخفاى فضايل خود داشته است. معلومات ما درباره اين آثار، مرهون گزارش دايى او، سيد ابوالحسن و نيز بعضى فهرست نويسان و تذکره نويسان است که در جاى خود به نام آنان اشاره اى مى کنيم، إن شاء الله .
آثار علمى سيّد(رحمة الله عليه) را مى توان به دو دسته تقسيم کرد: اوّل: آثار دوران زندگى در هند؛ دوم: آثار او در عتبات.
آثار دوران هند (قبل از هجرت او به عراق) را علّامه سيّد ابوالحسن رضوى (رحمه الله) چنين گزارش مى کند:
1. تکمله رسالة الکر للشيخ البهائى(قدس سره)
2. حاشية على شرح هداية القاضى الميبدى
3. حاشية على تقويم المحسنين
4. رسالة فى الأعمال الهندسيّة
5. شرح على تحرير المحقق الطوسى لکتاب اوطوقس فى الکرة المتحرکة
6. شرح صفحة الأسطرلاب للشيخ البهائى (قدس سره)
7. رسالة فى معرفة البعد بين البلاد
8. تتمّة الرسالة المؤلّفة فى معرفة البعد بين البلاد
9. حواشى حاشيه معرفة للمولوى غلام يحيى
01. حواشى المير زاهد على شرح التهذيب
11. حاشية على شرح الچغمينى
21. العروة الوثقى
31. حاشيه بر شرح بيرجندى بر رساله فارسى خواجه نصيرالدين طوسى (رحمة الله عليه) در باب اسطرلاب
14. کشف الضمائر
15. شرح عبارة العلّامة(رحمةالله عليه) فى المنتهى فى عمل الدائرة الهنديّة
61. شرح عبارة العلّامة الکرacباسى قدس سره فى المزاج فى باب القبلة
71. حاشية على رسالة ابن فهد الحلىّ(قدس سره) حول منازل القمر
81. حاشية على أمل الآمل للعاملى( رحمه الله)
91. شرح على مبحث الزوال من شرح اللمعة
02. شرح رواية عبدالله بن سنان عن الصادق (عليه السلام) فى اختلاف الزوال باختلاف الفصول
12. حاشية خلاصة الحساب
22. حاشية على شرح دراية الحديث للشهيد الثانى(قدس سره)
32. منتخب اتحاف السيوطى فى الأنساب
42. محاکمات بين شارحى مغنى اللبيب؛ الشمنى و الدمامينى
52. حاشية القوانين
26. حاشية رياض المسائل
72. حاشية شرح اللمعة.
بنابر گزارش علامه سيد ابوالحسن رضوى سه کتاب اخير را در اوايل تحصيل فقه و اصول نوشته است.
از آثار دوران بعد از هجرت او به عتبات آگاهى زيادى نداريم و اين، به سبب روش سيّد در کتمان و اخفاى فضائل خود است. با اين وجود دو کتاب را از آثار او در اين دوره مى دانند:
إعلام الأعلام و تسليک النفس إلى جناب القدس.
