سید یونس فرزند سیدمحمدتقی موسوی اردبیلی در سال 1293 یا 1296 ق در اردبیل به دنیا آمد. وی پس از تحصیل مقدمات و سطوح در اردبیل، به زنجان رفت و فقه و اصول را از آخوند ملاقربانعلی زنجانی، عالم بزرگ آن سامان و علوم معقول را از آخوند ملاسبزعلی حكیم آموخت. سیدیونس سپس برای ادامه ی تحصیل راهی نجف اشرف شد و در حلقه ی درس اساتید نامداری همچون شیخ الشریعه ی اصفهانی، فاضل شربیانی، آخوند خراسانی و علامه سیدمحمدكاظم یزدی جای گرفت. وی پس از آن به كربلا رفت و از محضر آیت اللَّه میرزا محمد تقی شیرازی بهره جُست. آیت اللَّه اردبیلی در سال 1346 ق به اردبیل بازگشت و عهده دار امور مذهبی گردید. از آن پس به مشهد رفت و به دنبال كشتار خونین مسجد گوهرشاد، به همراه عده ای دیگر از روحانیون، دستگیر، زندانی و سپس تبعید شد. در اواخر عمر چندی درعتبات بود ولی به علت بیماری به تهران رفت و در آن شهر در 84 یا 81 سالگی درگذشت. پیكر این عالم ربانی را به مشهد منتقل كرده و در آن شهر به خاك سپردند. از آیت اللَّه سید یونس اردبیلی آثاری برجای مانده كه دوره ی كامل فقه، رساله در فروع علم اجمالی و معتقدات القاصر از آن جمله اند.
