در ادامه نهضت مشروطه، پس از آن كه خواسته های علما و مردم در مورد تاسیس عدالت خانه و اجرای قوانین اسلام و... عملی نشد، علما تصمیم گرفتند كه به قم مهاجرت نموده و در حرم حضرت معصومه(س) تحصن كنند. درنهایت در 24 تیر 1285 ش برابر با 23 جمادی الاول 1324، حضرات آیات سید محمدطباطبایی و سید عبداللَّه بهبهانی در رأس یك گروه هزار نفری به سوی قم حركت كردند و مهاجرت كبری را شروع نمودند. همچنین شیخ فضل اللَّه نوری، سه روز بعد با فراهم آوردن جمعیت بسیار زیاد، از تهران به قم هجرت نمود. این مهاجرت، موجی از یك قیام در سراسر كشور ایجاد كرد و علمای بزرگ زمان از قبیل آقانجفی اصفهانی و آخوند ملاقربانعلی زنجانی از روحانیون مشهور و متنفذ اصفهان و زنجان، به این تحصن پیوسته و روحانیون سایر شهرها با تلگراف های متعدد، در انجام خواسته متحصنین قم پافشاری نمودند. در جایی كه نهضت در اوج پیروزی قرار داشت و مظفرالدین شاه قاجار هم خواسته رهبران نهضت را پذیرفته بود، به واسطه دست های مرموزی كه در جریان بود، اولین انحراف نهضت آشكار شد و عده ای از مردم، ناآگاهانه به سفارت انگلیس پناهنده شدند و در حیاط سفارت تحصن كردند. تحصُّن بیش از بیست هزار نفر از مردم در سفارت انگلستان، هرچند در ظاهر به بهانه حفظ جان مردم صورت می گرفت ولی در واقع نوعی تعدّی از احكام اسلامی بود كه استعمار پیر به دنبال آن بود. این انحراف بعدها تا آنجا كشیده شد كه شیخ فضل اللَّه را كه خود، از رهبران مشروطه به شمار می رفت، به دلیل مخالفت با مشروطه غیرمشروعه، به جوخه دار سپردند. سرانجام بر اثر فشار متحصنین، مظفرالدین شاه تمامی خواسته های آنان را پذیرفت و در 14 مرداد 1285ش، طی فرمانی، ضمن عزل عین الدوله، صدر اعظم مستبد خود، دستور برگزاری انتخابات و تشكیل مجلس شورا را صادر كرد. در نهایت علما و مردم متحصن در قم، ده روز بعد از امضای فرمان مشروطه، با احترام به تهران بازگشتند.
