از بهار 1986م كه صادق المهدی سیاست مدار معروف سودان، دولت غیرنظامی این كشور را در پی سقوط جعفر نُمیری حاكم دیكتاتور سودان تشكیل داد. تا سال 1989 كه دولت وی سقوط كرد، هیچ گاه كابینه یك دست و هم فكری نداشته و هیچ گاه خود را از خطر یك جنگ قدرت داخلی در امان نمی دیده است. رقابت احزاب در كشور برای كسب قدرت، مسأله شورشیان جنوب سودان، نیاز شدید به كمك های خارجی، نارضایتی در ارتش سودان و بالاخره فقر فزاینده و اقتصاد نابسامان، از بزرگ ترین مشكلاتی بود كه دولت صادق المهدی با آن دست به گریبان بود. این مشكلات كه حداقل 2 بار كابینه او را به سقوط كشاند سرانجام در روز 30 ژوئن 1989 به صورت كودتای نظامی ارتش، به عمر دولت وی خاتمه داد. در این كودتا كه توسط ژنرال عمر حسن احمد البشیر هدایت شد، صادق المهدی بازداشت گردید و تحت نظر قرار گرفت. عمر البشیر پس از كودتا با صدور فرمانی، تمام احزاب سیاسی، سازمان های غیرمذهبی و اتحادیه های كارگری را منحل كرد و با ممنوع اعلام كردن انتشار روزنامه ها، قانون اساسی سودان را به حال تعلیق درآورد. هم چنین ژنرال عمر البشیر پس از كودتا در رأس قدرت قرار گرفت و سیاستی مستقل از امریكا در پیش گرفت.
