در اواخر جنگ و پس از سقوط شلمچه، جمهوری اسلامی ایران دست به اقداماتی زد كه افزایش فعالیت های سیاسی برای جابجایی در بندهای قطعنامه 598 شورای امنیت و اعزام نیروهای بیشتر به جبهه های جنگ از آن جمله است. همچنین اقدام برجسته ای كه ایران در این زمان انجام داد، انتصاب آیت اللَّه هاشمی رفسنجانی به عنوان جانشین فرماندهی كل قوا در دوازدهم خرداد 1367 بود. زمینه های انتصاب آقای هاشمی به مسؤولیت جدید، اساساً پس از سقوط فاو ایجاد شد و بدین ترتیب بود كه سپاه، ایشان را برای این عنوان به امام پیشنهاد كرد. از اینرو، امام پس از سقوط شلمچه، طی حكمی، آقای هاشمی را به این سمت تعیین نموده و در آن حكم، به ایجاد ستاد فرماندهی كل، هماهنگی كامل ارتش، سپاه، بسیج و نیروهای انتظامی سعی در استفاده هر چه بهتر از امكانات و نیروها و بهره برداری صحیح از كمك های مردمی اشاره كردند.