پس از شهادت شهید رجایی و شهید باهنر در 8 شهریور 1360، به پیشنهاد تعدادی از اعضای مركزی حزب جمهوری اسلامی و اجازه حضرت امام، آیت اللَّه خامنه ای از طرف روحانیت و سایر نهادهای انقلابی نامزد ریاست جمهوری گردید و با رای عظیم و بی نظیر مردم، به عنوان سومین رییس جمهوری اسلامی ایران انتخاب شدند. همچنین ایشان در 25 مرداد 1364 و برای دومین بار به دلیل لیاقت و كاردانی، به دستور حضرت امام، كاندیدای ریاست جمهوری شد و با رای قاطع مردم به این پست برگزیده شدند. مقام معظم رهبری در طول ریاست جمهوری خویش به كشورهایی چون سوریه، لیبی، پاكستان، هند، چین، الجزایر، زیمبابوه، رومانی، كره شمالی و آمریكا (برای ایراد نطق تاریخی خویش در اجلاس مجمع عمومی سازمان ملل متحد) سفر كرده و پیام رسان انقلاب اسلامی بودند. در نهایت حضرت آیت اللَّه خامنه ای در سال آخر ریاست جمهوری، پس از ارتحال حضرت امام خمینی، از طرف مجلس خبرگان رهبری، به رهبری نظام اسلامی انتخاب شدند و تا امروز با عزت و قوت، هدایت جامعه اسلامی را برعهده دارند.