پس از آن كه مجلس شورای اسلامی به دلیل همسویی و همكاری بنی صدر رییس جمهور وقت، با گروهك منافقین، دامن زدن به تشنجات و درگیری ها در كشور، كوتاهی در دفاع از مرزهای ایران در دوران جنگ و عدم ممانعت از تجاوز ارتش بعث عراق به مرزهای كشور، رای به عدم كفایت سیاسی وی داد و حضرت امام خمینی(ره) نیز، او را از ریاست جمهوری عزل كردند، او به یك زندگی مخفی روی آورد و همواره توسط نامه و نوار، مردم را به شورش و آشوب دعوت می كرد. اما زندگی مخفی او چندان به طول نیانجامید و با مشت محكمی كه مردم با شركت در انتخابات ریاست جمهوری و انتخاب شهید رجایی به این سمت، بر دهانش كوبیدند، با حالت سرخوردگی و ذلّت تمام، همراه با مسعود رجوی سركرده منافقین و با چهره و لباس زنانه از كشور فرار كرد. او با یك هواپیمای بویینگ 707 ربوده شده، به طور غیر مجاز به سوی قبرس پرواز كرد و پیش از آن كه هواپیماهای شكاری نیروی هوایی جمهوری اسلامی ایران كه در تعقیب هواپیمای ربوده شده بودند به این هواپیما برسند، از مرز ایران خارج شد. همچنین پس از آن كه وی در پاریس مستقر شد، مقامات فرانسه به تقاضای ایران برای استرداد بنی صدر ترتیب اثر ندادند و او در آن جا با همكاری رجوی، تشكیلاتی بانام "شورای مقاومت" برای مبارزه با جمهوری اسلامی و سران آن تشكیل داد. عمر این شورا چندان نپایید و به زودی متلاشی گردید.